W 2003 r. ukończył studia licencjackie na kierunku Biologia Uniwersytetu Warszawskiego. Dwa lata później uzyskał tytuł magistra Biologii w zakresie mikrobiologii na tym samym wydziale. Krótko po zakończeniu studiów rozpoczął pracę w Narodowym Instytucie Zdrowia Publicznego – Państwowym Zakładzie Higieny w Zakładzie Higieny Środowiska (aktualnie Zakład Bezpieczeństwa Zdrowotnego Środowiska). W 2014 r. uzyskał stopień doktora w dziedzinie nauk medycznych, dyscyplina biologia medyczna. W trakcie pracy w NIZP-PZH, oprócz pracy naukowej, zajmował się licznymi zagadnieniami m.in. w zakresie: opiniowania preparatów biobójczych, oceny higienicznej materiałów i wyrobów budowlanych, w tym stosowanych w obszarze wentylacji i klimatyzacji, badań mikrobiologicznych wody i powietrza wewnątrz pomieszczeń, wdrażania nowych metod badawczych oraz badań i oceny materiałów przeznaczonych do kontaktu się z wodą do spożycia pod kątem ich podatności na powstawanie biofilmu.
Dr Maciej Szczotko jest autorem kilkunastu publikacji naukowych, brał też udział w wielu konferencjach krajowych i zagranicznych, podczas których prezentował wyniki badań własnych. Dodatkowo jest autorem i współautorem metodyk badawczych i współautorem trzech rozdziałów w pracach monograficznych, a także wielu opracowań eksperckich związanych z zagadnieniami bezpieczeństwa zdrowotnego w obszarze szeroko pojętej wentylacji i klimatyzacji pomieszczeń.